甘孜藏族自治州疾病预防控制中心前身是1960年4月组建的甘孜州卫生防疫站，2003年疾控体制改革时组建为甘孜藏族自治州疾病预防控制中心。半个世纪以来，中心认真贯彻“预防为主”的卫生工作方针，在各级党政和卫生行政主管部门正确领导和关心支持下，历经疾控人员的艰辛创业，励精图治、锐意改革、求实奋进、开拓创新，创建了康巴疾控事业的光辉业绩，走过了康巴疾控事业从无到有、从小到大并逐步发展壮大的光辉历程。

     经几代疾控人的努力，全州传染病总发病率有了大幅度下降；儿童计划免疫实现了接种率达到三个85％的目标；消灭了天花和脊灰。建立了从县到州到省直至国家卫生部的传染病疫情与突发公共卫生事件报告网络系统和各种疾病专报网络系统，传染病监测工作得到了进一步加强。全面系统、科学规范的开展了鼠疫、包虫病、碘缺乏病、地氟病、布病等流调与防制工作，基本掌握了流行情况、分布区域及危害程度，明确了防治方向，防治工作取得了一定成效，为深入开展传染病、地方病、寄生虫病、慢性非传染性疾病的综合防制打下了坚实基础。先后荣获国家、省、州授予的“先进集体”、“先进科研集体”等荣誉称号、表彰奖励70余次，科研成果奖20多项。涌现出一批全国、省、州先进个人、先进工作者和有突出贡献的专家。

     中心下设办公室、卫生监测、传染病与信息管理、质量管理、计划免疫、卫生检验、卫生宣教、地方病防治、鼠疫防治、慢性病防治九科一室，辖30多个专业组及工青妇群团组织，是一个藏、汉、回等多民族组成的大家族。有基因扩增仪、生化分析仪、酶标仪、原子吸收、原子荧光及计划免疫、鼠疫防治、结核病防治等各种疾病预防控制监测、检验仪器设备和专用车辆等，有业务工作用房43 34平方米。

     在上级卫生行政部门领导下和上级疾病预防控制机构的指导下，承担州境内疾病(急性传染病、慢性非传染性疾病、地方病、寄生虫病及职业病等)预防控制和公共卫生问题相关的技术方案、预防措施的制定与实施：承担突发公共卫生事件和救灾防病等的调查处理和技术支持；承担一定的科研工作；负责疫情搜集分析，指导下级疾病预防控制工作；负责对州内疾病控制机构中、初级人员的业务培训；对州级单位食品、职业、环境、放射、学校卫生等实施卫生监测与技术指导服务；开展疾病控制相关卫生检验、效果评价与实验室质量控制等各项业务工作。