上海市儿童医院是一所集医疗、保健、教学、科研、康复于一体的三级甲等儿童医院，前身是由我国著名儿科专家富文寿及现代儿童营养学创始人苏祖斐等前辈于1937年创办的上海难童医院，1953年更名为上海市儿童医院，2003年成为上海交通大学附属儿童医院。
医院现核定床位700张，职工1200余名，2013年度门诊量140万人次，年住院病人2.3万人次，实施手术1.9万例。2014年3月投入运营的泸定路院区位于普陀区长风生态商务区，毗邻普陀区妇婴保健院，北靠同普路，东邻泸定路。泸定路院区占地面积约2.6公顷，核定床位550张。北京西路院区占地面积1.59公顷，建筑面积约2.5万平方米，核定床位150张。2013年4月28日梅川路门诊部启用运营，自2014年3月始为儿童康复中心，为患儿提供包括听力残疾、视力残疾、智力残疾、肢体残疾、精神残疾的康复治疗。
医院拥有中国工程院院士1名、博士生导师6名、硕士生导师31名，拥有高级职称专家百余名。设有22个临床专科，包括重症医学科、新生儿科、肾脏科、呼吸科、血液科、消化科、心脏内科、神经内科、内分泌科、普外科、胸心外科、神经外科、骨科、泌尿外科、耳鼻咽喉头颈外科、儿童保健科、皮肤科、眼科、中医科、口腔科、康复科等。
医院也是上海医学遗传研究所、上海市儿童保健所、上海市儿童急救中心、上海市新生儿筛查中心、上海市儿童康复中心所在地。在儿童呼吸道重症感染、哮喘、肾病综合征、先天性心脏病、川崎病、性早熟、癫痫、新生儿缺氧缺血性脑病、学习困难；先天性泌尿畸形、消化畸形、骨骼畸形、耳鼻咽喉疾病等专科疾病诊治方面具有特色。在疑难杂症的诊治上更积累了丰富的经验，是国内首家成功开展连体婴儿分离术的儿童专科医院。
医院作为上海交通大学医学院的临床教学基地，设有博士、硕士专业点及博士后流动站。承担医学、护理等专业的带教任务。每年举办***、市级继续教育学习班。接受全国各地的进修医生和护士。医院对外交流频繁，与美国、俄罗斯、加拿大、奥地利、日本、新加坡、韩国、英国等国的医疗机构有合作项目。
近年来医院承担了国家“863”、“973”重点攻关项目、国家重大专项课题项目、国家自然科学基金项目、教育部及上海市科委基金项目、上海市卫生局及申康医院发展中心科研项目以及国际合作科研项目等的研究工作。儿科重症、重点实验室被评为国家临床重点专科。多人次入选“上海市******”、“上海市卫生系统领军人才”、“上海市卫生系统百人计划”、“新世纪人才计划”、“上海市浦江计划”、“上海市曙光计划”和“上海市启明星计划”等。以著名科学家曾溢滔院士领衔的上海医学遗传研究所始终瞄准本学科的国际前沿，近40次荣获国家、部委和上海市的重大成果奖励，重要科研成果曾在国际权威医学杂志《自然》等上发表。
作为上海市文明单位，上海市儿童医院多次获得爱国卫生先进单位、无烟医院和绿色医院等光荣称号。医院将秉承 “为儿童服务就是幸福”的宗旨，坚守“厚德、慈爱、敬业、创新”的院训，为将上海市儿童医院打造成 “精品医院、人文医院、智慧医院” 的愿景努力奋斗。